经验是实践中偶然的积累

作者:秋凉 | 发布日期:

工作到今天,我经常觉得怠倦和迷茫。对于外人来说,我所从事的职业是高度专业化的,即使大多数医生都无法理解并掌握临床遗传的基础常识,更不要说实验室检测的知识和技能。但是,站在局内人的角度,我越发感觉这不是什么有技术含量的工作。我们的所有检测和临床判断都遵循着程式化,而说实话我很难从中看到我所喜欢的艺术与美感。因此,这些年我越来越怀疑自己工作的意义在哪里。

这不是我个人的看法。有同事反复对我说过,觉得自己的工作没有价值,因为每年、每周、每天做的事情都是相似的,甚至事实上可能任何一个毫无专业知识的人经过一定的培训都能够掌握基本的操作和技术。每每此时,我总是会把经验拿出来当做挡箭牌。然而,有时候我自己都要怀疑,经验到底在产前诊断中的价值有多大。一个经历了10年检测的技术员和一个毫无经验的技术员,如果完全按照标准的流程进行操作,之间真的会有区别吗?

这是我最近遇到的一个案例,其中蕴含的问题是我之前并不曾遇到过的。

夫妇双方到我门诊咨询生育问题。先证者已经死亡,当地医院给出的诊断是骨硬化症,一种存在较大遗传异质性的疾病。从患者的临床描述和检验资料,结合该医院的规模,判断临床诊断应该是正确的。由于骨硬化症相关的基因比较多,而且本身也算一种比较少见的疾病,而先证者没有做过遗传检测,也无法获得样本,因此我对于是否提供筛查是比较犹豫的。

不过咨询者夫妇的态度非常好,尤其是妻子对于医生非常信任,同时表示只要有诊断的可能,就希望能够进行相关检查,即使获得确切结果的概率并不高。

很多人知道,我个人对于二代测序在遗传病诊断和筛查中的应用这两年是在走回头路的。因为不确定性太高,而费用也很高,很多时候这种低性价比会带来医疗纠纷。不少患者在做检测之前希望满满,一旦检测结果与预期不相符合,马上会转变自己的态度。加上这些检测本身都走在灰色地带,又有公司的介入,只要产生矛盾医生就处在非常不利的地位。基于此,我现在选择二代测序的时候都是非常慎重的——不但要选择适应症,还要选择患者。

基于对疾病的判断和患者相对较好的沟通,我建议妻子先做检测,这样如果在已知致病基因上找不到可疑变异,就不用再做丈夫了,沉没成本会低一些。检测数据出来后,我在检测公司提供的变异列表里找到一个与骨硬化症发生关联性较强的基因变异。该变异位于TCIRG1基因,是一处插入4个碱基后导致的移码变异。

隐性突变列表

因为TCIRG1致病一般符合常染色体隐性遗传规律,所以检验所不会把这样的变异放进致病列表,早年我们也可能会遗漏这样的变异。但是这方面的失误这两年基本不会发生了,这也是医生必须自己检视变异列表的原因。接下来自然就需要进行丈夫的检测。检测结果非常符合预期,在丈夫的TCIRG1基因上同样发现一处杂合变异,该变异是一个碱基替换造成的变异,在该位置导致终止密码子的形成,属于无义变异。

结合先证者的诊断以及夫妇双方的基因检测结果,基本可以认为疾病与病因诊断是明确的——对于这类基因检测结果,没有一个人能够做到100%的承诺,但是总体上我还是相信基于逻辑推测的判断——在下结论之前,还需要对二代测序结果进行一次验证,这也是多年来我坚持的步骤。

曾经有专家从技术的层面和我讨论二代测序突变结果进行桑格验证的必要性。说实话,遇到不相符的情况是个案,而且一般不是单碱基替换变异。然而我还是强调需要验证,因为确实存在不相符的情况,同时这也是检测过程中的必要质控。此外,对于我们日益重视的产前诊断,桑格测序能够及早为产前检测建立可靠的方法。

我没有想到的是,验证结果居然与二代测序不同。丈夫的变异通过桑格测序获得检出,但是妻子的插入变异则没有被测出来。负责测序验证的机构进行了两次实验,结果是一致的。由于插入变异在桑格测序中应该是很容易观测到的,因此结论指向二代测序结果本身的错误。

桑格测序验证

我首先查找了序列,发现变异位于外显子的末端,因此我怀疑是不是在内含子序列上存在结构变异造成mapping的时候出错。仔细回顾整个案例,二代测序结果和家系的临床情况是吻合的,而且确实丈夫携带了TCIRG1可疑致病变异,难道是巧合吗?那么多年的临床实践中,我始终记得上学时很多老师强调过的一元论思想。所以我觉得应该是检测本身存在一些问题。

为了解决问题,我第一需要确认妻子的变异在二代测序数据中是切实存在的。因此我请数据分析专家帮我重新分析了数据。孙教授确认了这组插入变异确实可以被观测到,并且为我提供了很重要的信息,即在可以观测到的变异序列两侧分别还有其他变异序列,而在变异序列上游的mapping不是很好。这提示可能因为引物设计在变异序列上导致该等位基因没有被扩增出来,因此不能在桑格测序结果中观测到变异。

于是我请实验室在更靠近目标变异区域的地方设计引物重新进行PCR和测序。经检测,二代测序中发现的4碱基插入变异确实可以通过桑格测序再现,算是非常完满的结局。

无独有偶,就在我解决这个案例的后一周,我们在产前诊断中也遇到了类似的问题,即因为引物设计问题造成一条等位基因没有被扩增出来,而且患者既往的基因检测报告也是错误的。因为正好碰到这样一个案例,我马上想到了其中可能存在的原因,很快就解决了问题,保证了产前诊断的实效和准确性。

正反向桑格验证

一般来说,在遇到桑格测序和二代测序结果矛盾的时候,我们会相对倾向桑格测序的结果。让我怀疑桑格测序的动因也许只能解释为所谓的“经验”了。一方面,从临床角度我需要质疑桑格测序的结果,另一方面,确实也找到了正确合理的路径。这个故事听起来有点无聊,因为是一个绕了一圈回到原点的故事,结论也许是如果不做桑格测序的话什么问题也没有。但是,一方面在临床检测中总是要排除任何一种潜在的可能性,另一方面,对于这样的案例假如没有做验证,在日后的产前诊断中就会发生错误,如我上面描述的那例产前诊断一般。

所谓的经验可能就是在实践过程中各种点滴积累的结果。做得越多,经历越多,并且能够总结,才能获得一些额外的经验。在我们接触的100个案例中也许会遇到1个值得思考的问题,而这些经验的价值也许就只能体现在1/100甚至1/1000的患者身上。然而,医学作为服务于人体健康的学科,其始终不变的原则就是充分利用现有知识为每一位患者提供最好的专业意见。有经验与没有经验或许就是这1/100-1/1000的区别,这种区别是否能够被认同或者承认是一回事,这种区别的存在是客观的。认同每一位患者都需要尽可能正确的诊疗就会认同专业的价值,而对于诊疗的局限有更多的忍耐力,就容易漠视这些经验在临床实践中可能带来的价值。